男性尿道内隐隐作痛，常见原因有：一、普通泌尿系感染，可有尿频、尿急、尿痛和血尿等。尿常规可见白细胞，治疗以抗感染为主，可选择头孢菌素类或喹诺酮类药物。二、淋菌性或非淋菌性尿道炎，有不洁性行为史，可有尿道刺痛、尿道口分泌物等。分泌物可稠厚或稀薄，分泌物涂片找到淋球菌，或培养有衣原体、支原体可明确诊断，治疗以抗感染为主，可根据不同病原体选择抗生素治疗。三、慢性前列腺炎，多见于中青年男性，可有尿频、尿急、尿道刺痛、会阴部不适或疼痛等。治疗以α受体阻滞剂加中成药为主，同时应积极寻找并去除病因。