奥美拉唑服用期间可有轻度的恶心、呕吐、腹胀、便秘、腹泻、腹痛，还有口干的情况。有的人在服用期间还会出现转氨酶升高和胆红素升高的可能，但一般都是轻微和短暂的，大多数是不需要治疗的。服用奥美拉唑期间还有可能出现神经、精神系统的一些不良反应，偶尔会出现头晕、头痛、嗜睡、失眠等。服用奥美拉唑，长期的服用会导致维生素B12的缺乏，其他就是服用奥美拉唑期间还可以出现皮疹，男性乳腺发育和溶血性贫血。