扁桃体发炎为扁桃体的急性非特异性炎症；主要致病菌为乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、流感杆菌及腺病毒或鼻病毒、单纯性疱疹病毒等。细菌和病毒混合感染者也很多见。近年还发现有厌氧菌和革兰阴性杆菌感染者。病原菌可以从外界侵入，也可以系隐藏于扁桃体隐窝内的病原体。当机体抵抗力因受凉、过度劳累、烟酒过度、有害气体等因素刺激而骤然降低时，病原菌大量繁殖，破坏隐窝上皮，细菌侵入其实质而发生炎症。有时为急性传染病的前驱症状，如麻疹及猩红热等。急性扁桃体炎的病原菌可通过飞沫或直接接触而传染。