不同支原体需要应用不同的抗感染药物治疗，肺炎支原体治疗首选大环内脂类抗菌药；人型支原体和解脲脲原体对米诺环素、多西环素、交沙霉素、克拉霉素均有较好疗效，少数对这类药物耐药者可用氟喹诺酮类药物（儿童、孕妇禁用）；发酵支原体可用四环素或氟喹诺酮类等治疗；生殖支原体首选阿奇霉素；穿透支原体选用克拉霉素、阿奇霉素、克林霉素、氟喹诺酮类均可。支原体肺炎同时可对症治疗，病情严重者可酌情短期用肾上腺糖皮质激素治疗，明显咳嗽患者可用止咳、祛痰药物等。感染支原体后，在医生指导下完善检查，明确支原体的类型，选择具有针对性的药物，可以有效的治疗疾病。