慢性肠炎可以吃抗结核药物、氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂、肠道微生态制剂等药物进行治疗。慢性肠炎主要包括肠结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等。肠结核是由结核杆菌引起的慢性肠道炎症，可以选择抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，是一种多因素引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症，可以选择氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂等治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗，可以通过做肠镜检查，明确诊断。