肛瘘最佳的治疗方法，需要结合患者的身体条件以及肛瘘的类型。肛瘘原则上最佳的治疗方法即是手术治疗，无论是低位或者高位的肛瘘，都应该行手术治疗才能完全治愈，肛瘘手术的关键在于准确的找到内口，并将内口切开，肛瘘的手术方式有肛瘘瘘管切开或者切除术，还有肛瘘瘘管切开加挂线术。但如果有些高龄患者不能耐受手术的，那手术治疗对于其来说并不是最佳治疗方法，通过用药保守治疗控制肛瘘的症状，对于其来说就可能是最佳治疗方法。还有一些高位复杂性肛瘘，经多次手术后仍然会出现复发，再继续手术的话有可能就会对肛门功能造成很大的影响，而且还不能保证能够彻底治愈，这种情况下也建议采用保守治疗，患者可以带瘘管生存。