小儿慢性腹泻首先需要寻找导致慢性腹泻的具体原因，然后进行针对性的治疗。其中最常见的就是由于肠道过敏而导致的，以对蛋白质过敏最常见，尤其是牛奶蛋白，所以必要时需要及时进行过敏源的检查，然后进行脱敏或者阻断接触来改善症状。其次可能是病毒感染以后，尤其是轮状病毒感染以后导致的继发乳糖不耐受而导致的慢性腹泻，就需要减少乳糖的摄入，同时可以使用肠道益生菌进行肠道功能的调节。