生理性卵巢囊肿的病因，需要根据疾病的类型进行判断。生理性卵巢囊肿主要包括黄体囊肿和滤泡囊肿等。黄体囊肿。指的是女性患者成熟卵泡排出卵子以后，卵巢内形成黄体，黄体内有过多的液体或者血液积聚，引起局部出现囊性病变导致的病情变化。滤泡囊肿。指的是女性患者，大多有成熟的卵泡形成，但是成熟卵泡并没有及时排出卵子，在卵巢局部形成囊泡样改变，引起的病情变化。生理性卵巢囊肿与月经周期有着密切的关系，如果囊肿比较小，一般不需要进行特殊治疗，可以观察处理。