女生上厕所小便疼主要考虑两种疾病，泌尿系统疾病和妇科疾病。泌尿系统疾病，炎症或者感染。如尿道炎，尿路感染。可以去医院做一个尿常规，观察尿液颜色是否偏黄，是否浑浊，镜下是否有白细胞，细菌。可以服用一些消炎抗菌药物，平时也要注意多喝水，还有要注意尿道周围的清洁，勤清洁更换内裤，保持一个清洁干燥的状态。妇科疾病，阴道炎、宫颈炎。去医院检查阴道分泌物及其他相关检查，可以明确是否存在阴道炎症或者感染。遵医嘱治疗，服用消炎抗菌药物，注意清洁卫生，且要注意避免性生活，防止交叉感染。