大便的时候肛门疼，最常见的原因就是有肛裂的存在，而且是以青年人为主。另外也不排除痔疮发生脱出，进而有感染，或者是水肿，血栓的形成，也可以在排便的时候会有肛门的疼痛。再者就是要排除是不是有肛周脓肿，还有直肠粘膜下脓肿或者是肛窦炎，直肠炎这一类疾病。大便发生了肛门的疼痛，可以先到肛肠科进行检查，在检查之前，一般建议患者排空肛管直肠内的粪便，对肛门的局部做简单的清洗，避免在检查的过程当中造成疾病的遗漏，在诊断明确以后及早的进行治疗。