治疗慢性结肠炎，可以应用西药以及中药治疗，应用氨基水杨酸制剂，可以减轻结肠炎的症状。柳氮磺吡啶是常用的药物，该药口服后大部分到达结肠，经肠道细菌分解为5-氨基水杨酸与磺胺吡啶，滞留在结肠内，与肠上皮接触发挥抗炎的作用。常用的药物还有美沙拉嗪或奥沙拉秦，还可以应用一些免疫抑制剂，常用的药物有硫唑嘌呤。如果慢性结肠炎急性发作，还可以应用糖皮质激素协助治疗。可以应用一些中药进行调理，口服理中汤合四神丸，起到健脾补肾、温阳化湿的作用。口服痛泻要方合四逆散，起到疏肝理气、健脾和中的作用。