亚甲炎治疗包括两个方面，减轻局部症状和针对甲状腺功能异常影响。一般来说大数病人仅对症处理即可，对轻型病例采用阿司匹林和其他止疼药，如用对乙氨基酚或用水杨酸盐可控制症状。病情严重者，疼痛，发热明显者可短期用其他非类固醇抗炎药和应用糖皮质类固醇激素，如泼尼松可迅速缓解临床表现。约有5%患者需用皮质激素来减轻症状，共用六到八周。如病人在用泼尼松24小时到48小时之间无反应，亚急性甲状腺炎的诊断应再评定，在治疗中，随查血沉改变，可指导用药，如病情需要再次开始用泼尼松，仍然有效。