布地奈德鼻喷雾剂长期使用可能会出现一些副作用，包括引起局部的刺激、鼻出血、轻微的血性分泌物，还有可能会出现上呼吸道感染、口咽部、腹部的不适、头痛等，还有可能会引起速发或者是迟发性的过敏反应，包括红斑、荨麻疹、皮疹、皮炎、血管性水肿和瘙痒等。极少数病人在鼻腔内给予此药后还出现鼻中隔穿孔或者是鼻黏膜溃疡等，对于儿童，长期使用此药还有可能会影响身高。因此在用药时，一定要注意监测他们的生长状况，在使用鼻喷剂时一定要注意正确的使用方法，一定要用右手给左鼻孔喷，左手给右鼻孔喷，这样能够有效地避免鼻中隔的穿孔。