导致扁桃体炎的原因有很多，常见得有细菌感染，免疫和炎症扩散等。但患者感染溶血性链球菌或者肺炎链球菌时会导致患有扁桃体炎症。由于患者的体质不同，对抗原体会出现不同的反应。部分患者可能会出现免疫作用，从而引起扁桃体炎。除此之外，当患有中耳炎没有及时治疗时，会使得炎症向周围组织扩散，对个体部位造成清晰，从而引发扁桃体炎。