治疗肛瘘，可以应用一些中药进行治疗，还可以用一些西药，药物治疗可以作为手术治疗的辅助手段，一旦明确肛瘘，可以应用中药进行熏洗，起到清热解毒、消肿止痛的作用。常用的药物有五倍子汤、苦参汤或止痛如神汤。如果想彻底的根除肛瘘，应当积极的行手术治疗，根据不同的瘘管位置高低，选择不同的手术方式，手术后应当给予抗生素抗感染治疗，还应当应用抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑或替硝唑进行治疗。手术后应当保持肛周清洁，经常用温盐水或中药进行熏洗，还可以口服一些中药进行调理，应用托里消毒饮，起到托里透毒的作用。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。