肛瘘用药多以控制局部感染、促进窦道愈合为主，？0.5％甲硝唑、生理盐水冲洗瘘管后，用生物蛋白胶自外口注入是治疗肛瘘的保守方法，但效果多不理想，需通过手术进行治疗才能痊愈。肛瘘的发病是由内而外的，原发病灶在肛管直肠附近，且肛瘘由内口，外口，瘘管组成。药物的治疗只是针对感染有效，以控制症状为主，不能到达使肛瘘的内口、外口以及瘘管闭合的目的。因此，药物治疗并不能使肛瘘病症痊愈。局部堵塞法无创伤无痛苦，对单纯性肛瘘可采用，但治愈率较低。药物的治疗对肛瘘病症可以起到缓解病情、控制炎症继续蔓延的效果。肛瘘如果出现急性感染、肛瘘疼痛或流脓可以借助药物进行治疗以达到症状的缓解，病情严重的患者还是建议到医院进行肛瘘手术治疗，以实现痊愈的目的。患者在治疗期间需要保持肛门卫生，及时换药，避免吃辛辣刺激性的食物造成病情恶化，有计划的进行肠胃的条理，使大便顺畅规律以减少病人的痛苦。