膀胱灌注化疗对身体的危害性和普通的全身静脉化疗一样，主要就是化疗药的毒副作用，但是静脉化疗是全身副反应为主，而膀胱灌注化疗是一种局部的治疗，至于局部反应为主，全身的反应很小。主要如下第一，出现恶心呕吐，食欲下降等多种的症状表现，但普遍症状都比全身化疗要轻很多。第二还容易引起化学性的膀胱炎，容易导致血尿的产生，可以表现为尿频、尿急、镜下或者肉眼看到血尿。多数的不良反应在停止关注后可以自行改善和消失。总之膀胱灌注化疗的主要副反应比全身化疗相对要小很多，最主要的危害就是膀胱炎的发生。