肛门上边起个包很痛的原因多是肛周脓肿、毛囊炎、尖锐湿疣等引起的。1.肛周脓肿。肛门因排便导致细菌滋生形成感染脓肿，会伴有肛周出现红肿、疼痛等症状，可用中药液或者高锰酸钾溶液熏洗坐浴，外擦消炎药膏，配合医生指导下口服抗生素药物治疗。持续发展形成脓腔的，可采取手术切开引流。2.毛囊炎。长时间坐着不动、穿的衣裤不透气、长时间处于闷热环境中、出汗过多等因素，导致毛囊发炎，出现比较硬的小丘疹，伴发瘙痒等症状。3.尖锐湿疣。感染人乳头瘤病毒造成的，需要在医生指导下足疗程、足剂量用药治疗，以免反复发作。