结石是最常见的刺激因子，95%以上的慢性胆囊炎继发于胆囊结石，结石可以完全或部分的堵塞胆囊流出道，而造成胆汁淤滞，亦可因长期压迫胆囊壁而造成粘膜慢性溃疡。溃疡修复后形成瘢痕挛缩，进而影响胆囊的收缩功能，导致排空障碍。正常胆道是无菌的或仅含有极少量来自门静脉的细菌，但胆汁淤滞排空障碍，却为细菌的生长繁殖创造了条件。在感染、机械因素的作用下，胆囊黏膜和肌层明显增厚并伴有纤维结缔组织增生和炎症细胞浸润，经过多次急性发作的胆囊壁常遭受严重损害，胆囊粘膜被破坏，继之形成的纤维瘢痕可导致胆囊萎缩，称之为慢性萎缩性胆囊炎，在部分患者中由于结石或瘢痕黏连，造成胆囊管完全阻塞，胆色素被吸收，粘膜上皮分泌粘液，胆囊内充满透明水样液，称之为胆囊积液。少数患者中体积较大的结石压迫Hartman贷和肝管，使胆囊和胆囊壁在长期感染压迫作用下坏死穿孔，引起胆囊胆管瘘，结石可经瘘孔进入胆总管，或骑跨于瘘孔上。另外少数非结石性慢性胆囊炎可继发于肿瘤，造成胆囊管梗阻，或为胆囊周围感染灶所累及。