胃食管反流病的患者，在药物治疗方面要首选抑酸药，这样见效比较快。抑酸药有H2受体拮抗剂、质子泵抑制剂，比如雷尼替丁、法莫替丁、艾司奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、艾普拉唑等等。其他的药物还包括促进胃动力的药物，比如莫沙必利、伊托必利、西沙必利，是作为抑酸药物的补充。其次还有粘膜保护剂，这类药物包括铝碳酸镁、海藻酸钠以及硫糖铝等。最后，还有抗焦虑药物，部分患者合并不同程度的焦虑或抑郁，表现为紧张、睡眠障碍等，可在常规药物上加用抗焦虑、抗抑郁药物。