手指头上起透明的小水泡在选择用药上需要根据具体疾病决定。第一、如果是由于单纯疱疹1型病毒感染而引起的单纯疱疹，可以口服盐酸伐昔洛韦片、泛昔洛韦片或者阿昔洛韦片，来抗病毒治疗，同时可以涂抹喷昔洛韦软膏或者更昔洛韦软膏，加强抗病毒的治疗作用，还可以选择炉甘石洗剂对症进行治疗；第二、如果是由于过敏引起的湿疹，可以选择糠酸莫米松乳膏或者丙酸氟替卡松乳膏涂抹，口服盐酸奥洛他定片；第三、如果是真菌感染引起的疾病，可以涂抹盐酸特比萘芬凝胶或者萘替芬酮康唑乳膏治疗。