熬夜两边的肾有点疼，其主要的原因如下：1.长时间熬夜后，使机体处于一个高负荷状态，尤其熬夜的人会固定一个姿势进行工作，长时间加重盆腔的淤血，导致肾盂内的压力增高。尤其是憋尿后，会引起肾包膜受牵拉，有时会感觉肾区疼痛不适。当改变了姿势，进行适量运动后，疼痛会有所缓解。2.熬夜后也会导致原有的腰椎疾病加重，出现肾有点疼。因为熬夜会使肌肉长期处于紧张和痉挛状态，加重原有疾病疼痛发作，从而出现了肾有点疼的感觉。因此，不建议长期熬夜，以免加重肾脏的负担，导致其他疾病随之发生。