首先要尽量避免感染，劳累等诱发因素，以免加重阵发性睡眠性血红蛋白尿的病情，给予支持疗法，生理盐水洗涤三次的红细胞，以免血浆中的补体引起溶血。给予雄激素治疗，司坦唑醇可以刺激红细胞生成，减少输血的次数。可以给予小剂量的铁剂治疗，如果有溶血，则应该停用铁剂。另外要控制急性溶血，可以给予右旋糖酐，输入6%的右旋糖酐，约五百到一千毫升，有抑制睡眠性血红蛋白尿红细胞溶血的作用。适用于伴有感染，外伤，输血反应和腹痛。口服碳酸氢钠或静脉注射5%碳酸氢钠，糖皮质激素治疗，给予泼尼松二十到三十毫克每天，缓解后减量，维持二到三个月。针对血栓塞的防治，可以口服华法林，但是要注意过量使用华法林，则有出血的危险。另外还可以使用单克隆抗体治疗这种疾病。