支原体感染的治疗方法是采用病原治疗，主要治疗为抗生素和中药治疗，常用的抗生素有四环素、红霉素等。治疗的疗程为10-14天，但抗生素有产生抗药耐药的问题，故部分患者可使用中医中药治疗，如利尿消炎丸等。此外，在支原体感染的治疗期间应禁止性交，配偶双方需同时接受检查，阳性者均应治疗，这样才不会出现交叉感染。