肺炎支原体感染的病程具有自限性，多数病例可不经治疗而自愈，但是在肺炎支原体感染的早期，使用适当的抗生素，可减轻患者的临床症状、缩短病程。首选大环内酯类抗生素，如红霉素、罗红霉素和阿齐霉素。对大环内酯不敏感者，则可选用呼吸氟喹诺酮类，如左氧氟沙星、莫西沙星等，四环素类，也用于肺炎支原体肺炎的治疗。疗程一般2-3周，因肺炎支原体无细胞壁，青霉素或头孢菌素等，抗生素无效。对剧烈咳嗽者，应适当给予镇咳药。若合并细菌感染，可根据病原学检查，选用针对性的抗生素进行治疗。