萎缩性胃炎首先要检测有无幽门螺旋杆菌的感染。如果有，必须根除幽门螺旋杆菌的治疗，目前推荐含铋剂的四联方案，即一种质子泵抑制剂、两种抗生素和一种铋剂，疗程14天左右。如伴有反酸、烧心、胃灼热等，可给予抑制胃酸分泌的药物，常用的有奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑。如出现早饱、胆汁反流，可给予胃肠动力的药物，如伊托必利、莫沙必利的处理。如出现腹胀等症状，可给予消化酶制剂的处理。常用的消化酶制剂有米曲菌胰酶片、复方阿嗪米特等。