阿卡波糖的副作用可以见到的是肠道的异常，包括胃肠胀气、腹泻、胃肠道和腹部的疼痛、恶心、呕吐、消化不良，这是阿卡波糖胶囊稍微多见的副作用。大多数程度比较轻，能够耐受，有极少数的病人这种副作用非常重，表现在身上的这种胃肠道的反应非常重，不能耐受，所以阿卡波糖这类的药物就不能吃。除此之外，阿卡波糖少见的副作用可以看到有肝功能异常，肝功能受损的病例报道，还有胆红素的升高，但这种报道是非常少见的。阿卡波糖属于糖苷酶抑制剂，主要是用于在餐前服用，降餐后血糖，使主食当中糖分的吸收减缓和减少这种作用来降低餐后血糖的。