造成阴茎内部疼痛的原因有很多：1.尿道炎。如果患者有存在病原体入侵尿道粘膜引起尿道炎，就有可能会造成尿道疼痛，表现为阴茎内部有疼痛感。2.结石。如果有尿道结石，也有可能会造成结石卡在尿道内，就容易造成阴茎内部疼痛的。3.前列腺炎。如果患者有存在前列腺炎疾病，也有可能会导致尿频，尿痛。4.膀胱炎。膀胱炎也会出现尿痛的症状。此时尿痛多数是在小便快要结束的时候才出现。