子宫内膜异位症的检查主要是通过超声检查，超声检查是诊断卵巢异位囊肿和膀胱，直肠内异症的重要方法，可确定异位囊肿位置，大小和形态，同时需要化验血清CA125和人附睾蛋白4，血清CA125水平可能升高，重症患者更明显，人附睾蛋白4多在正常水平，可用于卵巢癌的鉴别诊断，腹腔镜检查是诊断的最佳方法，但一般出现疑为内异症的不孕症患者，或妇科检查及超声检查无阳性发现的慢性腹痛及痛经进行性加重者首选腹腔镜检查。