慢性结肠炎可以选择抗结核药物，氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，细胞免疫抑制剂等治疗。对症治疗可以选择益生菌，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等，或者是黄连素，蒙脱石散等止泻治疗。如果有腹痛的患者，可以选择抗胆碱能药物，如654-2、阿托品等解痉止痛。如果有发热，体温超过38.5度，可以选择物理降温，或布洛芬，美洛昔康等退热治疗。慢性结肠炎肠包括肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病等。肠结核需要用抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月。炎症性肠病需要选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，细胞免疫抑制剂治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终生维持治疗。可以做肠镜检查，明确诊断。