肛门内部如果有疼痛的情况，首先需要明确原因以后，再进行用药。肛门内部的疼痛，首先就是要排除是不是有肛周脓肿的情况，还要排除是不是有直肠黏膜下的脓肿，如果是这些感染化脓性的疾病，单纯地依靠药物治疗，效果并不理想，主要还是需要通过手术进行治疗。另外，需要排除是不是内痔部分发生了脱出，或者是有肛裂等肛管直肠处的疾病。如果是痔疮，肛裂等疾病，可以使用中药坐浴熏洗以后，配合药膏和药栓直肠内给药，如果疼痛明显，还可以适当地使用止疼的药栓进行对症的治疗。