肝癌消融术后最常见的副作用是疼痛以及发热，以局部的疼痛为主，而发热主要是因为肿瘤在消融术后引起的坏死吸收热，以低热为主，不会超过38.5℃，3-5天后可逐步缓解。如果体温长时间没有缓解，而且热度有上升，需要考虑肝脓肿、肝内感染的可能性。如果出现了其他组织器官的损伤，将会导致不常见的副作用如胆管、血管损伤，导致腹腔出血、胆管损伤，需要积极采用手术处理，也可能出现穿刺的针道转移，或者穿刺到肺部引起的气胸、血胸、呼吸困难等。