引起肛瘘的病因比较多，最常见的有以下几种：第一，肛周脓肿，患者首先发作肛周脓肿，肛周脓肿，自行破溃或者是进行手术切开引流排脓以后，容易形成肛瘘。第二，直肠肛门的损伤，外伤吞咽骨头，金属肛门体温计，肛门镜检查等损伤、钢管直肠、细菌侵入伤口即可引起。第三，肛门裂反复感染，肛门裂口反复感染，可以并并发皮下肛瘘也就是单纯性简单的肛瘘。第四，会阴部手术，如果针对内治进行注射治疗而将药物误入基层或者引起手术后感染，包括产后会阴缝合后感染，尿道手术后感染的均可波及肛门直肠，引起脓肿及肛瘘。第五，结核性疾病，结核病并发结核性肛瘘者甚多，比例比较高。