眼睛结膜炎时，主要针对病因治疗，以局部给药为主。必要时全身用药，急性期切忌包扎换眼。常用的方法有：一、滴眼剂滴眼，是治疗结膜炎最基本的给药途径。对于微生物型的结膜炎应该选用敏感的抗菌药物或抗病毒滴眼剂，必要时可根据病原体培养和药敏试验选择有效的药物。二、眼膏涂药，眼膏在结膜炎停留时间较长，应睡前使用，可发挥持续的治疗作用。三、冲洗结膜囊，当结膜囊分泌物较多时，可用无刺激性的冲洗液，如生理盐水进行冲洗。每天一到两次，以清除结膜囊内的分泌物。冲洗时要翻转眼睑，同时用手指推动上下睑，以便彻底冲出分泌物。冲洗液勿流入眼，避免引起交叉感染。四、全身治疗。严重感染的病人需要在全身使用抗生素、磺胺类药物、抗病毒药物或其他药物。