子宫内膜异位症的主要的病因现在不是十分明确，主要的学说有三种。其一就是种植学说，它的传播途径主要包括经血的逆流，淋巴和静脉的播散以及医源性的种植。由于经血逆流，使得有活性的子宫内膜，经输卵管进入腹腔和盆腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，并在该处继续生长蔓延，形成盆腔的内膜异位症。另外就是体腔上皮去化生的学说，认为卵巢表面上皮、盆腔腹膜都是由胚胎期，具有高度化生潜能的体腔上皮分化而来的，在受到持续的卵巢激素或者是经血和慢性炎症的反复刺激后，可以被转化为子宫内膜样组织。再就是诱导学说，诱导学说是只为分化的腹膜组织在内源性生化因素的诱导下，可以发展为子宫内膜的组织。这些学说目前都不是很确切的子宫内膜异位症的病因。