甲亢容易引起内分泌系统的代谢紊乱，最常见的对于女性内分泌系统的影响，就是引起月经的紊乱，主要临床表现是月经周期的延长或者是缩短。最初患者可以有经量的减少，最终有可能发展为闭经，而且甲亢的患者生育率是明显下降的，即使怀孕流产的风险也明显的增加，有一些甲亢的女性患者可以以无排卵性的月经周期为主，而且伴有月经稀少。目前来说，对于甲亢影响内分泌系统的研究也是比较多见的，常见的引起女子月经周期改变的机制可能是甲状腺激素影响了性腺轴的信号传导，从而干扰了黄体生成素以及卵泡生成素的脉冲频率和振幅。