干燥综合征的病因目前还不明确，多项研究表明可能与遗传、感染和性激素的水平有关。免疫遗传学的研究提示干燥综合征的发病与某种hla基因的频率有关，且这种相关的hla基因与干燥综合征自身抗体的产生和临床表现有相关性，说明这种相关的hla基因可能在干燥综合征的发病过程中起到了重要的作用。但具有这种hla基因的人只有少数人患干燥综合征，因此遗传并非是唯一的病因，某些病毒感染与性激素的水平在本病的发病过程中也起到了一定的作用。eb病毒、丙肝感染与干燥综合征的发病有一定的相关性，雌激素能够活化多克隆的病理细胞，同时增加血清催乳素的水平，增加免疫活性，加快自身免疫反应的进展，这也是女性患干燥综合征明显高于男性的原因。