子宫内膜异位症发病的原因并不是很清楚，目前主要的学说以及发病因素有：异位种植学说、体腔上皮化生学说、诱导学说、遗传因素、免疫与炎症因素，其他因素包括环境因素、血管生成因素等等。异位种植学说也就是常说的经血逆流学说；体腔上皮化生学说是指卵巢表面上皮、盆腔腹膜可以被激活转化为子宫内膜样组织；诱导学说是指未分化的腹膜组织在某些因素的诱导下可以发展成为子宫内膜组织。子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位时称为子宫内膜异位症。异位内膜可以侵犯全身任何部位，其中以卵巢最为常见。