引起卵巢生理性囊肿的主要原因有：1.下丘脑—垂体—卵巢轴功能紊乱，这种情况多见于平常月经紊乱、频繁促排卵、绝经年纪太晚的女性。2.不科学的生活方式，比如长期熬夜、心理压力太大、生活作息不规律，就可以引起卵巢的部分组织异常增生，而成为生理囊肿。3.营养素缺乏，比如平常食物当中缺乏维生素D和维生素E，而胆固醇含量过高，营养失调也是引起卵巢生理性囊肿的原因。4.滥用各种含有激素的保健品也是常见原因之一。5.排卵后卵泡液没有及时吸收、排卵后黄体存在时间太长或者同时伴有出血而引起。