系统性红斑狼疮和其他的自身免疫性疾病一样，没有找到确切的病因。一般认为与遗传、感染、内分泌，环境因素等多种因素都有关系。比如遗传因素，这是红斑狼疮发病的重要因素，可能与人类基因有一定的关系。另外，系统性红斑狼疮的好发年龄是青年女性，通过研究发现，雌激素可能会是患者的病情加重或恶化，雌激素在发病的病因中可能也有一定的作用。另外，环境因素是直接诱发红斑狼疮的因素，包括紫外线照射，有一些药物等等。另外感染，比如细菌感染，病毒感染也可以导致红斑狼疮的病情加重或复发。