有些比较凶险的脑炎，比如单纯疱疹病毒脑炎流行性乙型脑炎等，通常是会留下一定程度的后遗症的。因为这些病毒非常的凶险，会破坏大脑的实质，引发一些后遗症。脑炎后遗症主要包括，第一患者可能存在认知功能方面的障碍也就是患者的智力会出现下降，导致一些记忆力、计算力、判断力均出现受损不能够从事一些很复杂的学习和工作。第二患者可能会遗留癫痫这种后遗症，因为病毒侵犯了大脑皮层是会造成脑实质损害的，有可能遗留癫痫的。第三种有些患者会导致一些肢体的瘫痪，在一些单纯疱疹病毒脑炎里面因为脑实质出现出血坏死，会留下瘫痪的后遗症的。