脚气真菌感染的药物治疗方法如下：1、糜烂型足癣：主要表现在足趾间出现了浸渍、糜烂，而且伴有多汗、瘙痒、异臭感，这时可以将复方酮康唑洗剂和盐酸特比萘芬喷剂交替外用。2、水疱型足癣：表现在足底或足趾之间出现了水疱、脓疱，而且有时还会伴有裂隙，甚至还会出现继发性感染，在治疗上可以应用复方黄柏洗剂进行冷敷。如果是米粒状的水疱，这时可以外用复方克霉唑软膏。如果水疱呈黄豆粒大小，没有破溃，这时可以应用碘伏消毒后用无菌注射器进行抽疱处理，然后将紫草油和盐酸布替萘芬搽剂混合外用。如果是角化增生型的足癣，表现为在足底出现了角化过度、皲裂，而且伴有皮肤的干燥，甚至会出现红斑，治疗上可以将维甲酸软膏和尿素维生素E乳混合外用。另外，以上三种类型的足癣可以口服伊曲康唑胶囊。因此，针对脚气真菌感染的患者，需要到正规医院，在皮肤科医生指导下进行药物的治疗。