治疗尖锐湿疣的外用药有50%的三氯醋酸溶液，5%的米奎莫特霜或者5%的肽丁安胺擦剂，5%的氟尿嘧啶软膏以及干扰素凝胶等。这些外用药通常使用2到3个月部分患者的疣体会自行脱落，但是尖锐湿疣是容易复发的疾病，外用药治疗往往要联合物理疗法和免疫疗法。常用的物理疗法有激光、冷冻、电灼、手术切除以及氨基酮戊酸光动力学疗法，目前最好的就是氨基酮戊酸光动力疗法可以明显的降低复发率而且不良反应较少，患者的依从性也比较好。