不同部位的结石，形成的原因也是不同的。比如胆囊结石，任何影响胆固醇、胆汁酸浓度比例改变，以及造成胆汁淤滞的因素，都可以导致结石的形成。比如女性激素增高、肥胖、妊娠、高脂肪的饮食、长期的肠外营养、糖尿病、高脂血症、肝硬化以及溶血性贫血等，以及某些手术，比如胃切除或者胃肠吻合术后、回肠切除术后，均可以引起胆囊结石的形成。当然也和饮食的不规律有很大的关系，特别是不进食早餐，容易造成胆汁在胆囊内淤积，从而结晶析出、结石形成。另外，胆管结石主要和以下的因素有关，比如反复的胆道感染、胆道的异物，包括蛔虫的残体、虫卵、华支睾吸虫、缝线的线结等。另外，解剖胆管的变异以及营养的不良，也可以造成肝内、外胆管结石的形成。