治疗膀胱炎的药物仍然以抗生素为主。常用抗生素种类包括喹诺酮类、大环内酯类、头孢菌素类，代表性药物分别为左氧氟沙星、环丙沙星、罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素、以及头孢地尼、头孢克洛等。这些药物能够较高浓度地聚集于泌尿系统及膀胱内而针对性地消炎，副作用也相对较小，抗菌谱较为广泛，对多种病原微生物具有杀灭作用。除此之外如果症状严重，可以考虑服用一些碱化尿液、解痉镇痛、神经营养调节类药物，对于缓解膀胱不适具有效果。