细菌性痢疾，最重要的治疗是抗菌治疗，也就是应用抗生素来治疗。轻型菌痢患者可不用抗菌药物，严重的病例则需应用抗生素，往往需要住院治疗。由于近年来志贺菌对抗生素的耐药性逐年增长，因此选择抗生素应根据当地流行菌株药敏实验或粪便培养的结果来进行选择，抗生素治疗的疗程一般为3~5天。常用的药物首选是喹诺酮类药物。喹诺酮类药物抗菌谱广，口服吸收好，不良反应小，耐药菌株相对较少，其中首选环丙沙星，其他喹诺酮类也可酌情选用，不能口服者可以静脉滴注，但儿童孕妇及哺乳期妇女一般不宜使用。其他的二线用药，可以选择头孢曲松和匹美西林，阿奇霉素也可用于成人治疗。