阴茎长水疱很可能是感染了生殖器疱疹，大多数人可能有危险的性接触史，因为疱疹通常是通过性接触传染，少数人有可能通过物品间接传染。其病原体是单纯疱疹病毒2型，少数人可能是感染了疱疹病毒1型。病毒感染以后通常有几周的潜伏期，而后会在生殖器表面形成细密的红疹，红疹的基础上会产生小水疱，水疱有可能会转变为脓疱，在这期间有可能会出现水疱、脓疱的破裂，皮肤表面出现溃疡面、糜烂面，同时可能会有全身症状，比如低热、全身乏力、腹股沟淋巴结肿大等。病毒感染多数属于自限性感染，所以即使不经治疗，大多数人三周左右皮肤的皮损也可以愈合。不过最初感染的一年以内很容易出现复发。在治疗上以口服和外用抗病毒的药物为主，可以配合抗生素治疗以及镇痛治疗。患者的配偶或者性伴侣建议同期进行检查，看看是否也被感染了疱疹。