厌氧菌感染的主要原因是感染部位首先要满足低氧或无氧的环境，其次有在厌氧条件下生长的细菌发生感染。人体的多个部位可以发生厌氧菌，比如皮肤的伤口，主要见于比较深的伤口；有些严重的创伤也容易发生厌氧菌的感染；肠道也是厌氧的环境，肠道内有大量的厌氧菌，当患者的肠道发生损伤或病变时就可以发生厌氧菌的感染。呼吸道、泌尿道、骨骼和神经系统都可以发生厌氧菌的感染，只要有缺氧的环境，厌氧菌就可以在局部繁殖。