男性阴囊根部疼痛，可能是由于生殖器疱疹或者前列腺炎等疾病引起。男性患者发生高危性行为，可能会引起HPV感染，导致生殖器部位出现疱疹，进而引起阴囊根部皮肤疼痛症状的出现。除此之外，在平时不注意卫生时，可能会导致前列腺部位感染细菌引起炎症反应，这种情况下也可能导致神经受到刺激，使患者出现上述症状，在长时间久坐或者活动时疼痛症状会加重。在平时要注意养成良好的卫生习惯，并在医生的指导下选择合适的药物进行控制。