阴茎上长水泡的原因有以下三种：一、阴茎受到了病菌的感染之后出现一团团的疱疹，这种情况多半是因为平时没有注意局部卫生，经常不洗澡或者不换洗内裤导致生殖器疱疹所出现的症状；二、阴茎接触了某种容易引起过敏的物体，使阴茎长出了引起瘙痒的红疹以及水泡；三、阴茎受到了念珠菌的感染之后使龟头受到了刺激引起炎症，病情越来越严重导致龟头和阴茎出现水泡。患者出现这种情况以后应该尽快到正规医院生殖科做相应的检查，积极地按照医生的指导使用消炎抗菌的药物进行治疗。